ACA2011を拾い読み

ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-23] 次に「どのサイズの結晶が最も奇麗なプロファイルを与えたの？」と聞いたが、明確な答えはなかった。サイズとしては1~5um程度、という感覚を持ってるらしい。彼らは結晶化条件を最適化して生の微小結晶を作っている。なので砕かないのかもｗ >@timasaki

ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-24] さて待望の@timasakiさんの質問。回折計を持ち込んでXFELでふつうに実験したやついないの？と聞いてみた。時分割実験でキースモファットがやってるらしい<ミオグロビン？。300um結晶にフルフラックスXFELビームを端に当てたらしい。結果は・・・

ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-25]もはや、回折する結晶体積がなくなってたらしいwww。つまり大きくても一発で死ぬるｗ。XFELで発生するプラズマによるものではないかと予想されてるらしいんですが、詳細は不明。1/100~1/1000倍のアッテネートをすればもしかしたら、という話みたいｗ。

ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-26]というわけで、でかい結晶でXFELというのもまだまだ未知な領域が多そう。しかしながら、回折の分解能をかせげるならそれでもやる価値はあるんだろうか？どうだろう？＞みんな。

ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-27] もうひとつ、興味深かったのは小さい結晶だとmosaic spreadが 0.01-0.05 deg.だったとか。これが例の小さい結晶は完全結晶だ、理論なのかと思うのだが・・・いや、まて・・・このモザイクってどうやって求めたの？って、いま気づいた・・ごめｗ

ひ○たく @kun32xu

[ACA2011-28]以上でレポートを終了します。今回のレポートについてはいずれバイオキにでも掲載しようかと思っています。また、ディスカッションなどここでもどこでもお願いしますね。僕は微小結晶の構造解析についてたくさん情報発信をしないと、と意気込んで帰路へつきます。でわまたー。

Nobuhisa Watanabe @ishi_game

@kun32xu 有限の波長幅で，モザイク角をパラメタにした有限の逆格子点の大きさを最適化したら，それが「モザイク角」なのかな? ところで，今回は日本からはどのくらい参加? 常連のY営業本部長とか以外…

ひ○たく @kun32xu

@ishi_game なるほどそういうことなんですかね>モザイク幅。いずれにしてもそれは恐らくSRよりよかったんだろうと。Y部長ってうちの？今回は来てないです。日本人で話したのは4人くらいです。私見ですが日本からもっとウェットな人が参加するべきです。ACA熱いですよ。

ひ○たく @kun32xu

@ishi_game ちなみにmosaic spreadを連続振動データで見積もった場合には、0.5degくらいだそうです。プロパン凍結ｗ。ループが2mmだから揺れてでかい？とか・・・ないかな。試料結晶を送ってもらえるかもなので試してみたいところです@1x1um for　デカ結晶

ひ○たく @kun32xu

@baramonia @yam_cpp @timasaki 結構、僕の英語能力で聞いたことで間違いもあるかも、ですが、誤解を恐れずに、という勇気を持ってレポートしました。ある程度合ってると思いますｗ　こちらこそ色々と勉強させてもらってます。今後ともよろしくです。

ひ○たく @kun32xu

@naka1623 @sugargroove XFELでクーロン爆発してく分子の様（シミュレーションでなく）をいつの日かビデオで見ることができるのでしょうか。楽しみですｗ

shinodatter @shinodatter

@kun32xu すごく面白そうな話題。ゼミの資料作成中なので終わってからじっくり読み直すのを楽しみにしています。ところで噴射だとすると結晶の方位はどの様にして得ているのでしょうか？

ひ○たく @kun32xu

@emeKato その通り。ランダムだとそこについては数を撃つしか今のところ手はない。いくつだったか。ノートを探せばあるが、パッキングしちまったｗ 軽く20,000個くらいじゃなかったかな>Nature。それでもデータ自体は撮るスピードがべらぼうなので、試料調製命じゃないかな。

Hideaki E. Kato @emeKato

@kun32xu ちなみにそれだけ多くのデータをマージするとなると結晶の同形性が命になる気もするんですが、やはり件の20000個近い微結晶というのは同一ウェルから作らないと厳しいんですかね。

ひ○たく @kun32xu

@emeKato ACAでは同型性の評価についてもいくつか議題になってましたが、基本的には凍結によるものが大きいのでは？と言われています。常温なのでその辺はまだまし？なのかな。後はどんな処理してるかフォローできてないが低角のリダンダンシーがべらぼうだったように思う。

ひ○たく @kun32xu

@emeKato つまり、べらぼうなリダンダンシーを得て、構造因子を平均化すると真の構造因子に近付くでしょうという乱暴な、しかし平均の妙を利用した構造解析なのでは？と思います。実際に低角のRがめっちゃ低いと計算担当のJames Holtonがccp4bbで書いてたと思う。

ひ○たく @kun32xu

@baramonia @emeKato 恐らく@nsakaiiが書いてたように、単なる吹付けじゃなくて「ある程度結晶の位置を制御できるデバイス」の開発を進めてるのでは？と想像しています。その辺も今度聞いてみますね>ブロメおばさん。

ひ○たく @kun32xu

@emekato@baramonia さっきの低角Rはリファインメントのです。http://j.mp/jv1YqT のおまけによると低角リダンダンシーは1300w。エラーは1/sqrt(N)になるはずなので、通常データに比べるRmergeは高いですが、平均値の値は正確だろうと。

Hideaki E. Kato @emeKato

@kun32xu なるほど。同形性の誤差をredundancyでカバーするというのは面白いですね。しかし、それだと異常分散を利用して位相決定しようとした時厳しい気が・・・というかXFELは位相の決め方、従来と違うんでしたっけ。う、ちょっとNatureの論文で勉強し直してきます。。

shinodatter @shinodatter

@kun32xu なるほど完全ランダムですか。一枚の反射からインデックスを正確に付けるのが難しそうな印象です。結晶が回転しないのでパーシャル反射のみでしょうし。（聞いてばかりですみません）

ひ○たく @kun32xu

@baramonia @nsakaii @emekato もはや１結晶に含まれている分子の数より多いｗ＜寝ろ

ひ○たく @kun32xu

@nsakaii @baramonia @emekato チャップマンか誰かに聞いたときは砕いてるって言ってたような。ブロメおばさんは微小結晶を作る条件を検討して作ったといっていたぞす。写真見たがほぼアグ沈に見えた。あの中に入ってる結晶ってかなり多いと思うぞよ。

ひ○たく @kun32xu

@shinodatter １枚の反射からインデックスはHKLでも余裕でやってのける。部分反射についての取り扱いはまだ理解してないある。あぁ、ついでに聞いとけばよかった。ごめん。後悔しながら寝るｗ

Mamoru SUZUKI @MamoruSUZUKI

Refmacのauto-weightはうまく働くけど、それでも自分で調整する必要があるかも。Low-resolution refinement対応が進んでいる感じ。世間話で出身のアゼルバイジャンの場所を聞きました。

Mamoru SUZUKI @MamoruSUZUKI

Phenix.refineもlow-resolution refinementについて対応が豊富で、ラマチャンドラン、二次構造、リファレンスの制限が利用可能。このオプションは3Aよりも分解能が悪い時に使うものだそうです。Average Kick mapの話もしていました。