【バイオインフォマティクス勉強会】Ion Torrent入門

田口善弘 @Yh_Taguchi

質問：挿入、欠落があるとRNASeqではコンセンサスではだめでは？　答え：発現が少なくて数本しか出ないとエラーは補償できない。

田口善弘 @Yh_Taguchi

ここからアメリエフの山口さんの説明。データ解析パイプライン概要。多型検出まで。fastQC, bwa, samtools,picard,annoverなどを使用。

田口善弘 @Yh_Taguchi

fastQCの結果を表示。８回分を合体した。トータル１００Mｂを８回で読んだ。５ー１２８bp。100を超えるとQVが１０を下回る。

田口善弘 @Yh_Taguchi

トリムしてもSNPの検出には無関係。

田口善弘 @Yh_Taguchi

duplicate readerはほぼ無い。

田口善弘 @Yh_Taguchi

アライメント＆マッピングはbwa。マルチヒットは５回まで許す。重複リードの除去（Pikard)。大腸菌なので個々のプロセスが数十秒で終了する。SNP検出はsamtools。mpileupコマンド使用・

田口善弘 @Yh_Taguchi

何回も検出されないSNPは捨てる（フィルタリング）。

田口善弘 @Yh_Taguchi

フィルターしてもSNPは６６００箇所もある。株が違うのでは。

田口善弘 @Yh_Taguchi

この後アノテーションをする。エクソン領域かどうかなど。

田口善弘 @Yh_Taguchi

SNPのデータ解析はアメリエフは強い。遺伝統計解析まで。

【非公式】ひろ@猫もふ欠乏症 @hiro_h

@Yh_Taguchi 後ほど、CNVとSNPの検出の関係を聞いていただくことは出来ますか…

田口善弘 @Yh_Taguchi

Chip-Seq.　macsというソフトを使用。（多分、これ→ http://t.co/M5a6qSY ）

田口善弘 @Yh_Taguchi

RNASeq : fastQCで。次がtophat　（４２０分かかる）これが業界標準。samtools cufflinks　

田口善弘 @Yh_Taguchi

GO解析からPathway解析までする。

田口善弘 @Yh_Taguchi

SNP/CNV解析。

田口善弘 @Yh_Taguchi

@hiro_h ええと何を訊けばいいですか？

田口善弘 @Yh_Taguchi

@hiro_h いまその説明をしてます。

田口善弘 @Yh_Taguchi

GWASの説明。日本人と中国人はhapmapの分布が違った。

田口善弘 @Yh_Taguchi

PCA:集団の構造化解析、クラスターに分かれる。それを系統樹を描く、ブートストラップまで。

【非公式】ひろ@猫もふ欠乏症 @hiro_h

@Yh_Taguchi コピー数が変わっていて、その中の一部のコピーにのみSNPがあると、検出しにくいと聞いたことがあります。そこをアメリエフさんはどうしているのかなぁと。

【非公式】ひろ@猫もふ欠乏症 @hiro_h

@Yh_Taguchi ああすみません…

田口善弘 @Yh_Taguchi

Exome解析。５０カバレージ。IGC で可視化

田口善弘 @Yh_Taguchi

Chip-seq,De Novoアッセンブルの例。後者は答えが解かっている場合で検証。

田口善弘 @Yh_Taguchi

６０万円でNGS解析用のサーバを売っています。オプションをつけると１００万円です。

田口善弘 @Yh_Taguchi

前の６コアより新しい４コアの方が２割速いです。メモリー的にはヒューマンゲノムならOKです。