“分子を見たい！” 新分子ビューアGLmolの誕生と成長
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K. Yam
@yam_cpp
RT @biochem_fan: http://t.co/QbbhrEkV > WebGL で作った低分子ビューア、proof of concept の段階ですが公開しました。Firefox か Chrome なら動くはず。残念ながら IE は無理です。@shinodatter, @tkfkm, @nubata
2011-10-16 22:57:49
とりさん
@biochem_fan
Three.js での線の出し方を把握。蛋白質のモデルを読み込んで、C alpha を結んだ図を描いて、回転したりできるようになった。以前実装した Catmull-Rom の分割を組み込んでみる。
2011-10-16 23:04:08
tkfkm
@tkfkm
@biochem_fan @shinodatter @nubata ChromeでもFirefoxでも黒い四角のままです…。なんで～ (>_<)
2011-10-16 23:15:54
tkfkm
@tkfkm
Minimol - A minimal molecular viewer for web pages http://t.co/d0flANY5 なんてのもあります。@biochem_fan
2011-10-16 23:20:20
とりさん
@biochem_fan
@tkfkm 2009年の段階でこれを作ったというのがスゴイですね。回転がうまくいかないのは、私が昨日までひっかかっていたのと同じ点のようです。
2011-10-16 23:23:30
とりさん
@biochem_fan
Catmull-Rom 実装完了。PDBファイルを開き、主鎖をなめらかな曲線で、リガンドを棒球モデルで表示できるようになった。4000行くらいの PDB ファイルなら軽々動く。
2011-10-16 23:29:49
tkfkm
@tkfkm
該当しました。。WebGLがdisableされてます。4年前のPCって古すぎるのか。。 RT @biochem_fan: @tkfkm もしかすると、http://t.co/kh6HrCWI が該当するかもしれません。
2011-10-16 23:34:18
とりさん
@biochem_fan
さすがに Photosystem II を開くと回転がカクカクになるが、Mesh をマージするとか、オブジェクトを使い回すとか、最適化の余地はたくさんあるのだ。でも、「最適化は一番最後に」の鉄則に従い、今はやらない。
2011-10-16 23:37:14
とりさん
@biochem_fan
@tkfkm 私のマシンは CPUこそ i7 ですが、ビデオカードは 2006年の GeForce 7300 GS のままです。凝ったシェーダも使っていないし、速度的には問題ないと思います。
2011-10-16 23:39:04
とりさん
@biochem_fan
蛋白質は大きいから、これを表示するとなると、原点中心の回転だけじゃなくて、モデルの平行移動や拡大縮小をちゃんと実装しないと使い物にならんなぁ。でも、モデルビュー行列とか、頭がこんがらがる(方言!?)から、また今度にしよう……
2011-10-16 23:42:32
tkfkm
@tkfkm
無理やりWebGLをenableにしたら動きました! GLmolすごいすごい！ RT @biochem_fan: @tkfkm もしかすると、http://t.co/kh6HrCWI が該当するかもしれません。
2011-10-16 23:49:03
とりさん
@biochem_fan
@magic_kanata chain が複数あると繋がっちゃうとか、いろいろ不具合がありますが、今の段階のを jsdo.it にアップしますね。お待ちください。
2011-10-16 23:49:06
とりさん
@biochem_fan
http://t.co/JyNtEdbk > WebGL による分子ビューア. 蛋白質のPDBファイルを読み込んで主鎖を曲線で表示できるようにしたものを公開。 @magic_kanata
2011-10-17 00:01:48
とりさん
@biochem_fan
本当は、PDBj とかから直接 PDB ファイルを読み込めるようにしたいんだけど、例のクロスドメイン制限のせいで無理なんだよなぁ……
2011-10-17 00:05:18
とりさん
@biochem_fan
RT @echizenbooks: 円周率10兆桁まで計算 長野の男性 http://t.co/YI0QFkRl おっ、記録更新ですね。「洗濯物を室内に干すと早く乾いて助かったけど、電気代が月３万円もかかるのはつらかった」と苦笑い。 ほのぼのぉ～。
2011-10-17 00:05:57
shinodatter
@shinodatter
@biochem_fan ビューアを自分のサーバー内に設置していればajaxを利用してPHP経由でなら外部のファイルも読み込めます。（見当違いな事を書いていたらすみません。） RT：本当は、PDBj とかから直接 PDB ファイルを読み込めるようにしたい
2011-10-17 00:14:23
とりさん
@biochem_fan
@shinodatter ビューアと同じサーバに、プロキシ的な働きをする CGI を置くってことですよね。それだと、せっかくの「気軽に設置できる」というメリットが薄れてしまうのが辛いところです。
2011-10-17 00:17:38
とりさん
@biochem_fan
@magic_kanata ありがとうございます。まだ視点の移動が不便ですし、バグも多いので、がんばって改善していきます。将来的にはちゃんと cartoon 表示できるようにしたい!
2011-10-17 00:18:37